Systém PEFC vznikol v roku 1998 z iniciatívy asociácie súkromných vlastníkov lesov šiestich európskych štátov, pôvodne ako Paneurópsky systém certifikácie lesov. Rada PEFC bola oficiálne založená roku 1999 v Paríži. Ako medzinárodná organizácia je zaregistrovaná v Luxemburgu, kde je aj terajšie sídlo Rady. Riadnymi členmi PEFC sú organizácie riadiace proces certifikácie podľa národných certifikačných schém členských štátov. Mimoriadnymi členmi PEFC sú významné medzinárodné organizácie vlastníkov lesov, lesného priemyslu, spracovateľských a obchodných organizácii.
Najvyšším orgánom PEFC je valné zhromaždenie. Stanovuje podmienky pre tvorbu nezávislých národných certifikačných systémov a vzájomné ich uznáva.

Základný pilier systému PEFC tvoria závery ministerských konferencii o ochrane lesov: Štrasburg 1990, Helsinki 1993, Lisabon 1998 a Viedeň 2003. Národné certifikačné schémy rešpektujú Paneurópske kritériá (6) a ukazovatele (27) trvalo udržateľného obhospodarovania lesa a Paneurópske prevádzkové smernice definované v dokumente Paneurópske kritériá, indikátory a vykonávacie smernice pre trvalo udržateľné obhospodarovanie lesov (Rezolúcia L2 III. Konferencie ministrov o ochrane lesov v Európe, Lisabon 1998)
Dohoda o vzájomnom uznávaní nezávislých národných certifikačných systémov založených na princípe trvalo udržateľného obhospodarovania lesa prerástla hranice Európy. PEFC, dnes ako Program pre vzájomné uznávanie lesných certifikačných systémov, zastrešuje 31 štátov 5 kontinentov.
V rámci PEFC bolo zatiaľ oficiálne uznaných 22 národných certifikačných systémov trvalo udržateľného hospodárenia, spolu je certifikovaných 192 mil. ha lesa, vydaných 2 851 certifikátov spotrebiteľského reťazca a logo PEFC používa 18 698 účastníkov spracovateľského reťazca.
Za transparentnosť a objektívnosť vykonanej certifikácie ručia nezávislé certifikačné orgány , ktoré nie sú na žiadnej úrovni previazané so štruktúrami PEFC
Prístupnosť systému je daná vznikom národných certifikačných systémov, ktoré na jednej strane zabezpečia plnenie paneurópskych kritérií a indikátorov trvalo udržateľného hospodárenia a na druhej strane v plnej miere zohľadnia úroveň a stav obhospodarovania lesov v danej krajine
Slovenský systém certifikácie lesov (SFSC) je národný, nezávislý systém platný na území SR a spĺňa všetky požiadavky pre certifikačné systémy. Slovenský systém certifikácie lesov bol 12.augusta 2005 uznaný radou PEFC ako 20. národná schéma v rámci celého sveta oprávnená používať známku PEFC. Jej vlastníkom je „Združenie certifikácie lesov Slovenska“ (ZCLS). Viac informácií získate na www.pefc.sk alebo www.pefc.org.
Slovenský systém certifikácie lesov je založený na princípe regionálnej certifikácie. Účasť vlastníkov alebo obhospodarovateľov lesov na regionálnej certifikácii je dobrovoľná. V mene regiónu vystupuje Žiadateľ, zastupujúci viac ako 50 % výmery lesného pôdneho fondu regiónu.
Po úspešnom ukončení certifikačného procesu získa každý účastník „Osvedčenie o účasti na certifikácii lesov“ Platnosť osvedčenia je časovo obmedzená na dobu maximálne 5 rokov. Po uplynutí tejto doby sa vykoná komplexná revízia zhody hospodárenia.